Les espèces animales et végétales d'intérêt communautaire présentes au sien du site Natura 2000 de la baie de Morlaix sont les suivantes :
Les mammifères
21 espèces de mammifères d'intérêt patrimonial ont été observées en baie de Morlaix. Parmi celles-ci, 6 espèces sont inscrites à l'annexe II de la Directive Habitat, Faune Flore, impliquant la nécessité :
– de maintenir et/ou restaurer leurs habitats de vie dans un état de conservation favorable,
– de veiller à leur non-perturbation, pour les perturbations ayant un effet au regard de leur conservation,
– d'évaluer les incidences pour les projets susceptibles d’affecter leurs habitats de vie.
5 espèces de mammifères marins fréquentent la baie et 2 espèces des cours d'eau et des zones humides. 12 espèces de chauves-souris ont été contactées au sein du site au cours des vingt dernières années et 2 espèces de mammifères terrestres.
| Nom Commun | Nom latin |
| Phoque gris | Halichoerus gripus |
| Marsouin commun | Phocoena phocoena |
| Dauphin commun | Delphinus delphis |
| Globicéphale noir | Globicephala melas |
| Dauphin de Risso | Grampus griseus |
| Loutre d'Europe | Lutra lutra |
| Campagnol amphibie | Arvicola sapidus |
| Grand Rhinolophe | Rhinolophus ferrumequinum |
| Petit Rhinolophe | Rhinolophus hipposideros |
| Barbastelle d'Europe | Barbastella barbastella |
| Murin à moustaches | Myotis mystacinus |
| Murin de Daubenton | Myotis daubentonii |
| Murin de Natterer | Myotis nattereri |
| Oreillard gris | Plecotus austriacus |
| Oreillard roux | Plecotus auritus |
| Pipistrelle commune | Pipistrellus pipistrellus |
| Pipistrelle de Kuhl | Pipistrellus kuhlii |
| Pipistrelle de Nathusius | Pipistrellus nathusii |
| Sérotine commune | Eptesicus serotinus |
| Muscardin | Muscardinus avellanarius |
| Putois | Mustela putorius |
Les poissons amphihalins
Les poissons sont dits "amphihalins" lorsqu'ils passent une partie de leur cycle de vie en mer et une autre en rivère. Cinq espèces de poissons amphihalins d'intérêt communautaire sont présents dans la Manche. Parmi celles-ci, trois espèces fréquentent la baie de Morlaix.
Le site Natura 2000 de la baie de Morlaix n'a pas un rôle fonctionnel majeur pour l'écologie de ces espèces. La lamproie marine, la grande alose et le saumon atlantique traversent la baie pour remonter dans les rivières pour la reproduction après avoir passé une partie de leur cycle de croissance en mer. L'anguille d’Europe, quant à elle, quitte les affluents de la baie pour aller se reproduire en atlantique ouest.
Les limites sud du site Natura 2000 sont situées en aval des premiers ouvrages sur les rivières. La continuité écologique des cours d'eau pour permettre la reproduction ou la croissance de ces espèces amphihalines est un des enjeux du Schéma d'Aménagement et de Gestion des Eaux – SAGE Léon-Trégor, porté par le Syndicat Mixte des bassins du Haut Léon.
L'anguille d'Europe n'est pas répertoriée dans les annexes de la directive Habitats, Faune, Flore et n'est donc pas une espèce d'intérêt communautaire au titre de Natura 2000. Cependant, elle est listée à la Convention OSPAR et bénéficie d'un règlement de la Commission européenne imposant à chaque État membre de mettre en place un plan de sauvegarde de l'espèce.
Le formulaire standard de données de la Zone Spéciale de Conservation de la baie de Morlaix note la présence de l'alose feinte, Alosa fallax, au sein du site. Les recherches bibliographiques et les entretiens menés lors de la phase de rédaction de l'état des lieux du Document d'Objectifs n'ont pas permis de confirmer la présence de l'espèce localement.
| Nom Commun | Nom latin |
| Lamproie marine | Petromyzon marinus |
| Grande Alose | Alosa alosa |
| Saumon atlantique | Salmo salar |
| Anguille d'Europe | Anguilla anguilla |
Les invertébrés marins
Peu d'espèces d'invertébrés marins sont visées directement par la directive Habitats, Faune, Flore et aucune ne fait l'objet d'une protection réglementaire sur le territoire français. Cette absence de prise en compte résulte sans doute de la moindre connaissance de l'état des populations marines, par rapport aux espèces terrestres.
La liste des espèces déterminantes de Bretagne pour établir les ZNIEFF en mer propose une hiérarchisation des enjeux de conservation des invertébrés marins à forte valeur patrimoniale. Les espèces présentes dans la zone de Roscoff, plus large que la baie de Morlaix, et référencées parmi les espèces déterminantes des ZNIEFF bretonnes, sont listées dans l'annexe XX.
La convention OSPAR cible quelques invertébrés marins. Ainsi, deux espèces d'invertébrés marins inscrites à la convention OSPAR sont présentes en baie de Morlaix : l'huître plate, Ostrea edulis et le pourpre, Nucella lapillus.
La Gorgone verruqueuse, Eunicella verrucosa, n'est inscrite sur aucune convention ou directive internationale, cependant, elle est évaluée par l'IUCN en tant qu'espèce vulnérable et notée à ce titre sur la liste rouge mondiale.
en cours de rédaction... à compléter.
La flore
Une espèce d'intérêt communautaire, inscrite à l'annexe II de la directive Habitat, Faune, Flore, est présente au sein du site Natura 2000 : le trichomanès remarquable, Trichomanes speciosum.
Le pourtour de la baie abrite 40 espèces de plantes dotées d'une forte valeur patrimoniale. Parmi celles-ci, 13 espèces font l'objet d'une protection réglementaire : 8 sont protégées à l'échelle nationale et 5 régionalement. 28 autres espèces d'intérêt patrimonial sont inscrites dans les listes rouges du massif armoricain, de Bretagne ou du Finistère.
La flore patrimoniale d'intérêt communautaire est présente sur tout le pourtour de la baie. La quasi-totalité de ces espèces sont affiliées à des milieux faiblement anthropisés : dunes, landes, pelouses littorales... Deux zones sont dotées d'un fort enjeu flore, avec plus de 8 espèces d'intérêt patrimonial : la pointe de Primel, à Plougasnou, comprise dans le périmètre du site Natura 2000, et les dunes du Dossen, à Santec, à proximité de la limité ouest du site Natura 2000.
Au sein du site Natura 2000, le littoral de Plougasnou présente une flore intéressante, avec 3 à 7 espèces d'intérêt patrimonial sur les pointes du Diben, d'An Alouestenn et de Saint Samson. Il en est de même pour la pointe du Cosmeur et l'Île Callot, à Carantec et les abords du château de Kernevez, à Saint Pol de Léon. À proximité immédiate du périmètre Natura 2000, les abords terrestres de la côte nord de l'Île de Batz et de l'anse du Poul Du, à Santec, se distinguent également par leur richesse en flore patrimoniale.