La baie de Morlaix abrite une grande diversité d'oiseaux. Les espèces fréquentant la baie et ses abords varient au fil des saisons. Certaines viennent y passer la saison froide, d'autres ne viennent que pour y nicher et élever leurs jeunes et d'autre encore sont présente tout au long de l'année.
Les oiseaux nicheurs - de février à août
La période de reproduction des oiseaux côtiers et marins recouvre le printemps et l'été, variant légèrement en fonction des espèces. Les milieux les plus favorables à la reproduction de ces oiseaux en Baie de Morlaix sont les îlots. Les grèves et les cordons de galets sont également des sites sensibles à cette période, car ils peuvent accueillir certaines espèces nicheuses, tel que le Grand Gravelot. La tranquillité des vasières de l'estuaire de Penzé est aussi à préserver pendant la période de nourrissage des jeunes Tadornes de Belon.
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Les oiseaux migrateurs et hivernants - d'août à mars
La Baie de Morlaix accueille de gros effectifs d'oiseaux migrateurs et hivernants. Ces oiseaux nichent plus au nord et viennent passer la saison froide sur nos côtes. La période d'hivernage des oiseaux couvre l'automne et l'hiver. Les oiseaux repartent vers le nord avec le redoux. Les oiseaux hivernant ne fréquentent pas les même secteurs que les oiseaux nicheurs. Les principaux secteurs accueillant ces oiseaux sont les anses abritées et les estuaires. Le maintien de la tranquillité de ces espaces est indispensable à la présence de ces espèces. En effet, un dérangement répété pendant cette période froide ne leur permettait plus de s'alimenter et de se reposer correctement, les oiseaux seraient alors affaiblis.
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