Les habitats marins de la baie de Morlaix sont décrits d'après la typologie REBENT qui classe les fonds marins en trois grands types d'habitats présents sur le littoral breton :
- en fonction de la nature du sol pour les deux premiers : habitats en substrats meubles et en substrats rocheux,
- les habitats particuliers, se différenciant par une faune et une flore originale.
La baie de Morlaix présente un estran de grande surface très diversifiée. Il est composé d'une mosaïque d'habitats imbriqués, résultant de la présence de substrats variés en mode plus ou moins exposé. La mer découvre par endroit sur plus d’un kilomètre aux basses mers de vives eaux mettant en évidence de trois grandes zones plus homogènes : les estuaires de Penzé et de Morlaix, ainsi que la côte rocheuse des Roches Jaunes à la pointe de Primel. A l'inverse, le nord de l'Îlot Sainte Anne, à Saint Pol de Léon, et le pourtour de l'Île Callot, présentent une grande variété d'habitats. Les secteurs estuariens sont, quant à eux, répartis en longs rubans étroits présentant des étagements verticaux d’habitats très resserrés.
Des habitats particuliers de grande envergure, présentant une faune et une flore particulière et essentielle au fonctionnement écologique de la baie, se concentrent au sein de ce site. Ce sont en grande majorité de vastes herbiers de zostères marine, Zostera marina, infralittoraux, bien développés dans la frange émergente de l'infralittoral.
La superficie de l'estran du site Natura 2000 de la baie de Morlaix avoisine 5 654 ha et les fonds marins non découvrants couvrent 20 973 ha.
Quelques exemples d'habitats particuliers
Les herbiers de zostères
Les zostères sont des plantes marines, et non des algues. Elles se développent sur les fonds vaseux ou sableux de la Manche et de l'Atlantique, dans les zones de faible profondeur. Elles forment des herbiers plus ou moins denses, sur l'estran et jusqu'à 3 ou 4 mètres sous le zéro des cartes.
Ces herbiers abritent une grande diversité d'espèces animales qui viennent s'y reproduire, s'y alimenter ou s'y réfugier. Cela en fait un milieu essentiel au fonctionnement écologique de la Baie de Morlaix. Les zostères constituent également une ressource alimentaire importante pour les oiseaux migrateurs et hivernants, notamment pour les Bernaches cravant.
Sensibilité
Les herbiers de zostères sont très sensibles à l'arrachage et au piétinement. Les mouillages de bouées ou de bateaux dans les herbiers provoquent un arrachage des plantes par l'ancre, ainsi que par le raguage des chaînes. Il est impératif d'éviter de mouiller dans les herbiers de zostères. De même, lors des séances de pêche à pied, veillez à ne pas dégrader les herbiers.
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Les bancs de maërl
Le maërl est une accumulation de petites algues calcaires rouges non fixées. L'amoncellement de ces petites algues dures forme des bancs plus ou moins épais avec de nombreux interstices. Le maërl se rencontre entre 0 et 30 mètres de profondeur sur les côtes atlantiques.
La structure tridimensionnelle des bancs de maërl permet à ce milieu d'abriter une très grande diversité d'espèces. C'est une zone de nurserie remarquable pour de nombreuses espèces de coquillages (Coquille Saint Jacques, Pétoncle, Palourde...) et des jeunes poissons (Bar, Dorade, Lieu, Rouget...) qui trouvent refuge entre les brins de maërl.
Sensibilité : Les bancs de maërl sont assez peu sensibles aux pratiques courantes des manifestations nautiques, cependant il est conseillé d'éviter de mouiller sur ce milieu, pour ne pas altérer sa structure.