Deux directives Européennes constituent le fondement du réseau Natura2000. Elles ont pour objectif la conservation à long terme des milieux naturels sensibles, de la faune et de la flore sauvages :
La directive « Oiseaux » (1979) vise la conservation à long terme des espèces d’oiseaux sauvages grâce à la protection des habitats nécessaires à leur reproduction et à leur survie. Elle identifie 181 espèces rares ou menacées à l'échelle de l'Europe (espèces de l’annexe I) et concerne également les oiseaux migrateurs.
Les territoires désignés au titre de la directive « Oiseaux » sont appelées « Zones de Protection spéciales » (ZPS).
La directive « Habitats » (1992) a pour but la conservation de milieux naturels, d'espèces, végétales et animales, autres que les oiseaux,, reconnus comme rares et menacés au niveau européen (Annexes I et II de la directive). La directive habitat permet de favoriser le maintien de la biodiversité, tout en tenant compte des exigences économiques, sociales, culturelles et régionales de chaque site.
Les sites ainsi désignées sont des « Zones Spéciales de Conservation » (ZSC).
Le réseau Natura2000 résulte de la mise en oeuvre de ces deux directives dans chaque pays membre.
