Les sites Natura 2000 de la baie de Morlaix s'étendent principalement en mer mais ils couvrent également la frange côtière de 13 communes, d'ouest en est, de l'île de Sieck (Santec) à la pointe de Roc'h Louet (Plougasnou). Au large, le site comprend les abords de l'Ile de Batz ainsi que le Plateau de la Méloine.
La baie de Morlaix abrite des fonds marins d'exception (herbiers de zostères, bancs de maërl, forets de laminaires...) et des habitats côtiers particuliers car subissant l'influence du sel (prés salés, pelouses littorales...). Elle accueille également des mammifères marins, tels que le phoque gris ou le marsouin commun, des mammifères terrestres, notamment des chauves-souris, ainsi que des poissons migrateurs en passage entre leur cycle marin et leur période de reproduction en rivière.
La baie est également un site essentiel aux oiseaux d'eau et aux oiseaux marins. C'est notamment un des rares sites de reproduction de la Sterne de Dougall, espèce nicheuse en danger critique d'extinction en France. À l'automne et en hiver, la baie et ses abords accueillent d'importantes populations d'anatidés (canards) et de limicoles (oiseaux des vasières).
La baie de Morlaix est un site riche en activités humaines professionnelles ou de loisir souvent dépendantes du bon état de conservation du milieu et des équilibres écologiques. La mise en œuvre de la démarche Natura 2000 a comme objectif de concilier les usages humains avec la sensibilité du milieu pour assurer la conservation à long terme du patrimoine naturel de la baie.
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