Les limicoles
Certaines espèces de limicoles sont inscrites à l'annexe I de la directive Oiseaux
Le terme limicole désigne l'ensemble des petits échassiers s'alimentant sur les vasières : barges, courlis, bécasseaux, pluviers, chevaliers, huîtriers... Ils ont, en période d'hivernage un comportement et une utilisation de l'espace relativement semblables. Chaque espèce ne sera donc pas présentée dans le détail.
Les limicoles s'alimentent lorsque l'estran est découvert, sur les vasières, sur les plages de sable, entre les cailloux ou dans les laisses de mer, en fonction du régime alimentaire propre à chaque espèce. Des grosses concentrations de limicoles fréquentent les vasières du fond de la rade de Morlaix (entre le Dourduff et Locquénolé), celles en aval du Pont de la Corde (côtes de Carantec et de Saint Pol de Léon), ainsi que les anses abritées : anse du Laber à Roscoff, anse de Terenez à Plouezoc'h et Plougasnou, port de la Groue à Saint Pol de Léon...
A marée haute, les limicoles se rassemblent sur des terres émergés (îlots ou côte rocheuse) communément appelés reposoirs de haute mer, pour se reposer. Le préservation de la tranquillité de ces reposoirs est essentielle pour la présence de ces oiseaux en Baie de Morlaix.
La Bernache cravant
Les Bernaches cravant fréquentant la Baie de Morlaix en hivers nichent en Sibérie. Herbivores, elles s'alimentent essentiellement de zostères et d'algues vertes. Les Bernaches se concentrent donc sur les herbiers de zostères dès que la marée les rend accessible. A marée haute, elles se regroupent le long des côtes abritées.
Les oiseaux plongeurs
Les Harles huppés, les Grèbes huppés, les Grèbes à cou noir et les Grèbes castagneux sont des oiseaux plongeurs. Ils se déplacent aisément sous l'eau pour capturer des poissons, mais également des mollusques et des crustacés. Les Harles sont souvent en groupes de quelques individus, contrairement aux Grèbes qui sont plus solitaires.
Ces espèces fréquentent essentiellement l'aval de la rade de Morlaix ainsi que les abords du chenal de la Penzé à Saint Pol de Léon.
Les puffins
Les puffins sont des oiseaux pélagiques : ils vivent en haute mer et ne s'approchent des côtes que pour la reproduction. Ce sont des oiseaux discrets qui fréquentent les abords de la Baie de Morlaix essentiellement pour s'alimenter, hors période de reproduction, mais également pour s'y reposer. Ils se rassemblent alors en groupes posés sur l'eau, communément appelés radeaux, pouvant rassembler entre quelques individus et plusieurs milliers d'oiseaux.