La baie de Morlaix a été intégrée au réseau Natura 2000 de par sa grande diversité de milieux marins et côtiers. Le site a été étendu en 2009 pour intégrer les fonds marins profonds et l'estran de la côte léonarde.
Pour une présentation détaillée des habitats marins et terrestres de la baie, vous pouvez télécharger les études dans la colonne de droite.